基础医学院是学校最早成立的二级学院之一。1958年，就成立了相应的基础学科教研组。1984年4月成立基础部、基础部总支，辖体育、物理、化学、数学、生物、人体解剖学等16个教研室。1989年3月，增设基础部办公室，负责基础部日常事务。2000年1月，组建基础学院。增设辅导员办公室和基础学院分团委。2002年12月，基础学院、第一临床学院、第二临床学院、儿科临床学院组建成临床医学部，下设第一临床学院、第二临床学院、基础学院。2004年6月，临床医学部易名为医学部，教学办公室和学院办公室合并为综合办公室，新成立的校级机能实验教学中心（副处级）挂靠医学部管理，其他机构不变。2005年9月，临床学院与基础学院分离。基础学院更名为基础医学院，下设综合办公室、学生工作办公室；机能实验中心继续托管与基础医学院。2016年9月起，基础医学院下设办公室、教学办公室、学科建设与研究生工作办公室；机能实验中心仍挂靠基础医学院。2024年，恢复设置基础医学院学生工作办公室（团委），基础医学院下设办公室、教学办公室、学科建设与研究生工作办公室和学生工作办公室（团委）。