学校于1958年8月由浙江医学院从杭州分迁至温州后，便成立基础学科教研组，1984年批准成立基础部，2000年组建基础学院，2005年9月正式成立基础医学院。

基本概况。学院现设病原生物学与免疫学系、生理学与病理生理学系、形态学系、机能学系、生物科学系、法医学系6个系，下设16个教研室，现有基础医学国家级实验教学示范中心，省级重点实验教学示范中心机能实验教学中心，省科普教育基地人体科学馆和为市级示范教学形态实验教学中心。现有浙江省肿瘤相关病原与宿主互作研究国际科技合作基地和温州市肿瘤相关病原与免疫重点实验室。

师资队伍。学院现有教职工174人，其中专任教师和专职研究人员共130人，正高级职称25人、副高级职称33人；具有博士学位者85人。近五年，新进博士学位教职工35人。现有浙江省教学团队医学机能学教学团队，3个教学团队入选市级本科高等院校教师教学创新团队。现有国务院政府特殊津贴贴获得者2人，现有省“万人计划”、省海外高层次创新人才、省高等学校“钱江学者”特聘教授、省杰青、省151人才工程等一批人才。

专业建设。学院承担了全校（包括仁济学院）全日制本专科及留学生教学，截至目前，共有国家级一流课程2门，教育部来华留学英语授课品牌课程1门，国家级虚拟仿真实验教学项目1项，省级一流课程39门，省级虚拟仿真实验教学项目8项。学院在上世纪80年代就开始招收硕士研究生，2011年获批基础医学硕士学位授权一级学科，2018年获批基础医学本科专业和博士学位授权一级学科，形成本硕博相衔接的人才培养体系。现有基础医学和法医学2个本科专业，基础医学本科专业2020年首次招生，获批省级“一流本科专业”，法医学专业为“十三五”新兴特色专业，并招收基础医学专业硕、博士留学生。学院现有在校生规模达296人，其中本科生111人，硕士生164人，博士生21人。学院教师指导学生参加第七、八、九届全国大学生基础医学创新研究暨实验设计论坛，获金奖3项，银奖6项，铜奖2项，学校连续两年获高校优秀组织奖。

学科建设。肺心病学是最早的浙江省高校重点扶植学科A类（1998年），生理学是浙江省高校A类重点学科（2009年），病原生物学为温州市高校重点学科（2009年），基础医学学科为浙江省“十二五”高校重点学科（2012年）和浙江省“十三五”B类一流学科（2016年）。基础医学学科入围2022软科中国最好学科排名和2022软科世界一流学科，世界排名位列第401－500区间，支撑学校10个相关学科进入ESI前1%。

科学研究。围绕学科建设重点形成了低氧医学、病原生物与免疫、组织修复与再生医学、神经生物医学、肿瘤学等5个研究方向。自2016年以来，学院共获国家级项目50项，省部级项目71项，研究成果获省部级科研成果奖励8项，其中浙江省进步奖一等奖2项。

国际合作。学院积极开展国际学术交流与合作，先后与美国NIH、澳大利亚昆士兰大学、澳大利亚莫纳什大学、加拿大阿尔伯塔大学、韩国全南大学、意大利圣心大学等建立长期的友好合作关系。

注：其中的数据截至2024年3月