温州医科大学基础医学院源自1958年学校建立后的基础医学教研室，经过多轮院系机构设置改革，2005年9月正式成立基础医学院。现设病原生物学与免疫学系、生理学与病理生理学系、形态学系、生物科学系、法医学系5个系，下设10个教研室，并有2个实验教学中心和人体科学馆，其中基础医学实验教学中心为国家级实验教学示范中心，机能实验教学中心为省级重点实验教学示范中心，人体科学馆为省科普教育基地。

学院师资力量雄厚，治学严谨，拥有一批国内外著名的专家学者。现有教职工141人，其中专任教师和专职研究人员共105人，正高级职称22人（包括教授18人和研究员4人）、副高级职称30人（包括副教授29人和副研究员1人）；具有博士学位者55人。学院拥有一批优秀人才，现有国家“万人计划”科技创新领军人才1人，国家有突出贡献中青年专家1人，入选国家百千万人才工程1人，入选科技部创新人才推进计划中青年科技创新领军人才1人，浙江省高等学校“钱江学者”特聘教授2人，省“千人计划”创新长期1人，浙江省151人才工程重点资助1人，浙江省高校中青年学科带头人4人，享受国务院政府特殊津贴专家1人，博士生导师10人。

学院在上世纪80年代就开始招收硕士研究生，2011年获批基础医学硕士学位授权一级学科，2018年获批基础医学本科专业和博士学位授权一级学科，形成本硕博相衔接的人才培养体系。学院肺心病学是最早的浙江省高校重点扶植学科A类（1998年），生理学是浙江省高校重点学科（A类），病原生物学为温州市高校重点学科，基础医学学科为浙江省“十二五”高校重点学科和浙江省“十三五”一流学科（B类）。学院现有基础医学和法医学2个本科专业，法医学专业为“十三五”新兴特色专业，并招收基础医学专业硕、博士留学生。现有在读研究生136人，其中全日制博士生6人，全日制硕士生128人，硕士留学生和博士留学生各1人。

学院坚持立德树人根本任务，不断深化人才培养模式和教育教学改革，努力培养德智体全面发展的基础医学各学科师资和高层次科学研究人才。学院承担了基础医学专业建设和儿科学5+3人才培养模式改革等，医学机能学教学团队为浙江省教学团队,现有教育部来华留学英语授课品牌课程1门，省级线下一流课程1门，省优秀研究生课程2门，省级精品课程5门，省级精品在线开放课程9门，高等教育出版社数字课程5门。

学院以特色学科为龙头，积极从单纯“教学型”学院转变为“教学和科研并重型”学院，努力争创国内一流基础医学院。近年来，围绕学科建设重点形成了低氧医学、病原生物与免疫、组织修复与再生医学、神经生物医学、肿瘤学等5个研究中心，并组建了7个优势特色、研究方向稳定的科研团队，学院还积极对接国家重大战略和基础临床共建拓展新型交叉学科方向。自2016年以来，共获国家级项目29项，省部级项目43项，省部级及以上项目经费达2105万元，获国家发明专利授权12项，其中国际发明专利1项，发表SCI收录期刊论文共280余篇。基础医学学科入围2019软科中国最好学科排名和2019软科世界一流学科，世界排名位列第401－500区间。

学院积极开展国际学术交流与合作，先后与美国NIH、澳大利亚昆士兰大学等建立长期的友好合作关系。